「出陣」はゲームのメインストーリーとなり、明治維新、江戸、戦国と歴史をさかのぼっていきます。「出陣」は実戦なので丸腰でいったらアウト。難易度の高いステージでは即「破壊」されてしまいます。ステージを周回しレベルを積み重ねる「レベリング」が重要になってきます。ステージクリア後に刀剣男士を拾うこともあるので、根気強くプレイしましょう。
出撃中もさまざまなセリフをつぶやく刀剣男士たち。ひとつひとつのセリフを余すところなく聞き取るため好きな刀剣男士こそ戦場に出しましょう！戦闘開始前には「索敵」が行われ、うまくいけば敵の陣形を見破り有利な陣形を選ぶことが可能になります。索敵は刀剣男士の「偵察」能力が高ければ高いほど成功するのでリーダー選びは慎重に。また、ステージが進むと敵が矢・鉄砲・投石をしかけてくるので、刀剣男士本体に被害が及ばぬよう、「統率」の高いキャラクターを選ぶのも重要です。
戦闘はオートで行われるので刀剣男士たちの活躍を見守ります。どうやら敵は戊辰戦争で命を落とす土方歳三や本能寺の変で横死する織田信長の運命を変えようとしている様子。それを止めるのが「審神者」ことプレイヤーと刀剣男士、という構図です。かつての主が救われるかもしれない「歴史の改変」を止める刀剣男士たち。その心中を思うと…！ さすがシナリオがニトロプラス、ブラウザゲームと侮ることができません。
「遠征」は第二部隊以降のパーティを出撃させることで一定の素材と経験値を稼ぐことが可能。難易度があがると作業時間もかかるので、出かける前や睡眠前に仕込んでおくと効率的です。遠征成功の条件が予め確認できるので無謀な遠征で時間を浪費する心配はありません。
「演錬」はいわゆる模擬戦。ランダムで選ばれた5人のユーザーの部隊と戦うことが可能。敗北しても経験値が入ります。しかも、いくら攻撃を受けても破壊されることはありません。「中傷」ビジュアルを見る場にうってつけ。積極的に強いプレイヤーと戦いましょう！
