本作は、中学2年生の女の子・芽衣（めい）の甘く、そして切ない恋愛模様を描く物語。ゲームでは、高校1年生までの芽衣のさまざまな恋が綴られていく。
中学2年生のときは、一つ年上の幼なじみ・悠哉（ゆうや）にほのかな想いを寄せていたものの、悠哉が高校一年生の姉・春菜を慕っていたことを知り、優しい姉への想いと嫉妬に揺れ動く。
そして芽衣は、クラスメイトのアッくんとの擬似恋愛によって悠哉への思いを断ち切ろうとする。アッくんと刹那的な恋愛を繰り返す中、芽衣はアッくんに本気で惹かれてゆくが、想いが深ければ深いほど、彼らの幼い恋はお互いを傷つけてしまう…。
中学3年生に進級した芽衣は、今度は新しいクラスで出会ったタカちゃんの一途な想いに心が揺れ動かされる。だが、この優柔不断な態度が、タカちゃんに想いを寄せるクラスメイト・沙良（さら）の気持ちを知ないうちに踏みにじってしまうことになる。
そして、楽しいはずの修学旅行で激昂した沙良ともみ合いになった芽衣は、過失により沙良に重症を負わせてしまうのだった…。
『赤い糸 DS』は、原作者のメイさん監修のもとで制作されており、ケータイ小説で描かれた結末に加えて、新たに3つの結末が用意される。また、芽衣以外の登場人物の全セリフは、人気声優によるフルボイスで堪能できる。
ケータイ小説より生まれた「赤い糸」は、シリーズ5冊の書籍で延べ180万部のベストセラーとなっている。さらに、12月6日（土）からは人気上昇中のアイドル・南沢奈央さんの主演でフジテレブ系列でドラマ化されるほか、12月20日（土）より全国松竹系で映画が公開される。
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