それによると、ゲーム中、特定の状況下でセーブを行って、ゲームを終了すると、次回再開時にソフトウェアが起動できなくなる不具合が発生しています。同社は、特定の状況下にならないための回避方法をこちらのページに記載。また、ソフトウェアが起動できなった場合は、ゲームのデータを削除し、再度ダウンロードを行う必要があると発表しています。（ただし、その際は、セーブデータも削除されてしまうとのこと）
なお、今後の対応について、同社は改めて告知するとのことです。
不具合の詳細は下記の通りです。
【不具合発生の流れ】
1.サバクフネの内部に「洗脳装置」を建設する。
2.「洗脳装置」の「スキルかくにん」画面にて、スキルを削除したいネズミを選び、「ハイ」を選択する。
3:このタイミングから、スキルの削除タスクが終了するまで（「洗脳装置」の「タスク」画面の「ジッコウチュウ」欄が空になるまで）の間にセーブをしてゲームを終了すると、次回のゲーム起動時「ゲームを始める準備をしています…」画面でゲームが終了し、起動できなくなる。
【不具合の回避方法】
「洗脳装置」でスキルを削除する場合、スキルの削除が完了するか、タスクをキャンセルした状態（「洗脳装置」の「タスク」画面の「ジッコウチュウ」欄が空の状態）になるまではセーブをしない。
もしセーブをしてしまったら、ゲームを終了する前に、スキルの削除を完了させるまで待つか、「洗脳装置」の「タスク」画面を開き、「ジッコウチュウ」欄のタスクをキャンセルして「ジッコウチュウ」欄を空の状態にし、ふたたびセーブをする。
【もしこの不具合が発生してしまったら】
以下の通り【サバクのネズミ団！】のソフトを本体設定メニューから完全に消去し、再ダウンロードをお試しください。
※進行中のセーブデータは消去されます。大変申し訳ございませんが、ご了承ください。
1.3DS本体メニューから「本体設定」→「データ管理」→「ニンテンドー3DSデータ管理」→「ソフト管理」を選択
2.「ソフト管理」画面より、本ソフト「サバクのネズミ団！」を選択してから
→「消去」→「ソフトとセーブデータを消去する」→「消去する」を実行し、ソフトとセーブデータを完全に削除する。
3.本体設定を終了し、3DS本体メニューに戻り、一度3DS本体の電源を切って再度起動する。
4.その後eショップに接続して、再ダウンロードする。
1.サバクフネの内部に「洗脳装置」を建設する。
2.「洗脳装置」の「スキルかくにん」画面にて、スキルを削除したいネズミを選び、「ハイ」を選択する。
3:このタイミングから、スキルの削除タスクが終了するまで（「洗脳装置」の「タスク」画面の「ジッコウチュウ」欄が空になるまで）の間にセーブをしてゲームを終了すると、次回のゲーム起動時「ゲームを始める準備をしています…」画面でゲームが終了し、起動できなくなる。
【不具合の回避方法】
「洗脳装置」でスキルを削除する場合、スキルの削除が完了するか、タスクをキャンセルした状態（「洗脳装置」の「タスク」画面の「ジッコウチュウ」欄が空の状態）になるまではセーブをしない。
もしセーブをしてしまったら、ゲームを終了する前に、スキルの削除を完了させるまで待つか、「洗脳装置」の「タスク」画面を開き、「ジッコウチュウ」欄のタスクをキャンセルして「ジッコウチュウ」欄を空の状態にし、ふたたびセーブをする。
【もしこの不具合が発生してしまったら】
以下の通り【サバクのネズミ団！】のソフトを本体設定メニューから完全に消去し、再ダウンロードをお試しください。
※進行中のセーブデータは消去されます。大変申し訳ございませんが、ご了承ください。
1.3DS本体メニューから「本体設定」→「データ管理」→「ニンテンドー3DSデータ管理」→「ソフト管理」を選択
2.「ソフト管理」画面より、本ソフト「サバクのネズミ団！」を選択してから
→「消去」→「ソフトとセーブデータを消去する」→「消去する」を実行し、ソフトとセーブデータを完全に削除する。
3.本体設定を終了し、3DS本体メニューに戻り、一度3DS本体の電源を切って再度起動する。
4.その後eショップに接続して、再ダウンロードする。
