Chapter4では、積荷積載量と対波性能に応じて船の移動速度が上昇する新機能が実装される。基本的に、積荷積載量が少なく、対波性能が高い船ほど速度が上昇する。また、カ陰気では、外洋の海域ほど速度の上昇割合が高くなる。そして、「測量」「漕船」「警戒」「見張り」のスキルは、その都度スキルを使用しなくても一度使用すれば継続的に行動力を消費して発動される。
このほかにも、沈没船の探索には不可欠なアイテム「沈没船の断片地図」の入手経路が増えるほか、バザール、商会ショップの出展価格上限の引き上げ、開拓地へ船寄贈、発見物カード献上を行ったときに獲得する経験値、名声、国家貢献勲記の数の増加、などが行われる。
さらに、ログアウト後すぐに、それまでログインしていたワールドのキャラクタ選択画面を表示する「キャラクターチェンジ」機能の導入や、「大航海時代 Online @モバイル」と「大航海時代 Online @Web」において、ポルトベロとパナマ間の新航路開設、なども実施される。
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