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まずは各部隊に「オペレーター」が配属され、3名の候補から選択可能となります。「オペレーター」は部隊長を補佐するキャラクターで、ログアウト中の戦績を分析して報告してくれたり、各種の通信を取り次いだりと、隊長を勇気付けたりサポートしたりしてくれる新たな機能となります。CVを担当する声優は、川澄綾子さん、神田朱未さん、能登麻美子さんの3人。それぞれ個性的に演じてくれそうです。
また「第3クール」から部隊編成が変わります。大きな変更点は5つで、「一年戦争序盤に2つの機体が新たに追加」「修理値の影響が拡大」「部下パイロットの能力がアップ」「フォーメーションの内容が一新」「盾の強さをバランス調整」となります。
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まず、技術Lv3より、地球連邦軍は「プロトタイプガンダム」を、ジオン公国軍は「ザクレロ」を開発可能になります。この追加により、地球連邦軍もジオン公国軍も技術Lv3から地上と宇宙の両方で制限機を使用できるようになります。
次に、機体の修理値がVPの獲得に及ぼす影響が、第2クールまでに比べて大きくなります。部隊に編成している機体の修理値の合計が大きくなるほど戦闘終了時に獲得できるVPが減少するので、VPランキングや総合ランキングで上位を狙うのであれば、機体の性能だけでなく修理値を意識した部隊編成が必要になります。
3つめに、部下パイロットの能力値が、成長タイプの特徴をより明確に反映する方向に強化されます。そのためフォーメーションの選択やパイロットの配置などの自由度が大きくなり、第２クールまでに比べてより多様な部隊編成が行えるようになります。
4つめに、各フォーメーションの配置座標や攻防指示、パラメータへの修正値などが全般的に調整されます。特にこれまで相対的に使われていなかったフォーメーションは使い勝手が向上するよう修正されますので、第2クールまでに比べてフォーメーション選択の幅が広がります。
5つめに、盾による防御を行った際に軽減できるダメージの量が、第2クールまでに比べてやや少なくなります。盾の効果が小さくなるので、たとえば「盾を持たないが回避に優れた機体」などは、前衛として活躍する機会が増えることになります。
そして第3クールより、「ワールド移動」機能が実装されます。「ワールド移動」とは、自分の部隊データを他のワールド（サーバー）へ移動する機能。サービス中のワールドであれば基本的にどこへでも移動することができます。詳細は後日公開されるとのことです。
『ガンダムネットワークオペレーション3』USBメモリパッケージの対応OSは、Windows XP、Vista、7で、価格は、7,329円（税込）です。月額利用料金はクレジットカード決済の場合1ヶ月単位1,155円（税込）、コンビニ決済（セブンイレブン）、WebMoney決済、ドコモ ケータイ払いの場合は、3ヶ月単位3,780円（税込）です。
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