オプション課金とは、ガーディアンズライセンスとは別に購入可能なゲーム内通貨「ガーディアンズキャッシュ」を使用して、専用に用意されたさまざまなサービスを受けるものです。
オプション課金サービスを利用しなくても『PSU』はプレイ可能ですが、サービスを利用することで、さらにゲームの幅が広がります。「GCミッション」は一回の受託に一定のGCを必要とするミッション。
通常のミッションと異なり専用のアイテムのドロップを狙ったり、大量に出現するモンスターの群れを手当たり次第に殲滅したりなど、さまざまなテーマに沿って構成されたミッションが受託可能です。
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あわせてガーディアンズ・コロニー クライズ・シティ5Fに、新規エリア「ガーディアンズ本部・監理室」が追加されており、GCミッションはこちらから、受諾できます。
またオプション課金「ガーディアンズキャッシュ」導入にともない新規ミッションの追加と配信が開始されました。「星霊たちの遺産」は監理室特別プログラムにより作られたパーティー推奨の協力型ミッション。1人で受託した際はルートが変化するため注意してください。
「託された防衛線」は監理室特別プログラムにより作られた殲滅型ミッション。大量のモンスターが一挙に攻めてきます。「フォトン水晶交換所」はGCミッションで得られる特殊なアイテム「フォトンクリスタル」が集まってから行けるもの。専用の報酬が多数用意されています。
なお、今回の季節限定イベントとして「結婚式ロビー」も用意されます。各地のロビーが純白の装飾に包まれるもので、配信期間は2009年6月4日（木）〜2009年6月18日（木）となります。ルームグッズでは、「ウェディングケーキ」が期間限定にて、ショップに追加されます。
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さらにセガは、『ファンタシースターユニバース』のネットワークモード（PlayStation2版/Windows版）プレイヤーを対象としたイベント『GC GIRLS』を実施します。開催期間は2009年6月4日（木）〜2009年6月11日（木）で、イベントキャラクター「シエラ」「モカ」「ノエル」「アイ」の4名が「GC GIRLS」として、ガーディアンズを「GCミッション」へ招待します。
このイベントでは「GC GIRLS」がパーティーリーダーとなり、GCの一括払いを行うため、GCは不必要。誰でも参加可能です。イベントキャラクター「GC GIRLS」は、ガーディアンズ本部・監理室より「GCミッション」へ参加。ロビーにて同行するガーディアンズを募集するとのことです。
