ストーリーは前作SFC版のエンディング後の続きお話で、さらわれたべビィルイージや他のべビィ達を助けに行く。と言った内容でゲームシステムも前作とほとんど同じです。本作の注目すべき点は2画面ぶち抜き画面です。現状のDSではありそうであまりないタイプのゲームですね。（過去に似たようなコンセプトのソフトは『ソニックラッシュ』ぐらいでしょう）。上画面と下画面の間の部分がちゃんと画面が繋がって処理されている為、プレイヤーの目から見ると上下画面の狭間の部分が見えない事になります。ゲーム中はさほど気になりませんが上下の強制スクロールするステージでは隠れている部分が丁度見えなくなる事があるので少々そういったシーンは苦労するかもしれません。
新キャラクターとしてべビィピーチ、べビィドンキー、べビィワリオ、べビィクッパがヨッシーの背中に乗るようになりました。コウノトリのマークがある場所でキャラチェンジが可能です。最初はべビィマリオのみでステージが進むつれてべビィピーチ、べビィドンキーもキャラクターチェンジが可能になります。ただし、べビィワリオとべビィクッパは特定のステージでのみ限定です。
ヨッシーの背中に乗るキャラクターによりヨッシーの特性が変化します。べビィマリオはヨッシーのダッシュが早くなる＆スターを取るとマリオが無敵になりダッシュ。べビィピーチはジャンプ中にパラソルを開き、風が吹いている所では風を利用してヨッシーの踏ん張りジャンプの距離が伸びて進むことが出来ます。べビィドンキーはつたを上り下りすることが出来て、ヨッシーがしゃがめる所であればタックルも繰り出すことが可能になります。さらにべビィドンキーはタマゴ投げの威力が上がる反面タマゴが壁に跳ね返らなくなったり、ドンキーが重い為、踏ん張りジャンプの距離ダウンといった長所短所があります。べビィワリオは手に持っている磁石を利用して周囲のコインの引き寄せます。磁石のマークが付いているブロックがある所では、その足場を引き寄せたりすることが出来てこれを上手く利用して進めて行きます。やっぱりべビィワリオも重いのでヨッシーの踏ん張りジャンプの距離がダウンします。べビィクッパは背中に乗っている間クッパがヨッシーの向いている前後上方向に炎を吐き攻撃することが可能です。氷を溶かしたりも出来ます。その反面ヨッシーは敵を飲み込んだりすることが出来なくなります。べビィクッパもやはり重たい為、ヨッシーの踏ん張りジャンプの距離がダウンします。
| ヨッシーのカラーバリエーション | |
| SFC版＆GBA版 | 緑 ピンク 水 黄 紫 茶 赤 青 |
| DS版 | 緑 ピンク 水 黄 紫 オレンジ 赤 青（＋黒 白） |
ヨッシーアイランドDSでは前作で不評だった（と思います）茶色を外してしてオレンジを追加。シークレットステージでは黒と白のヨッシーが活躍します。
登場ステージ数は「1ワールド8面＋シークレット2面＝1ワールド10面」と言う構成は両作品同じです。SFC版ヨッシーアイランドはGBA版に移植された際に新コースが追加されたのを含めれば全60面、ヨッシーアイランドDS版は全5ワールドなので50面になります。
数字だけ見るとDS版はステージ数こそGBA版より少ないのですが、1コースの長さがSFC版に比べて少々長いですね。
ゲームの難易度は見た目より凄くシビアで、前半は比較的易しめですが終盤のステージの方ではヨッシーに乗せるキャラクターをよく考えたり、足場が狭いステージが多いのでちょっとした操作ミスが命取りになったりするシーンが多い印章でした。(過去の2Dゲームで例えるならスーパードンキーコングみたいな感じと例えればわかりやすいでしょうか)
ヨッシーアイランドシリーズではクリアの際に100点満点でのクリア評価があるので、全コース100点を目指す人はかなり大変です。前作にはあったお助けカードが無くなってしまったのが理由の一つです。前作では「見やぶり虫めがね」で赤コインを探したり、ゴール前でスターのお守りの数がちょっと足りなかった時「スターポイント20」とかよく使ったものですが、DS版ではこれが採用されなかったのが残念です。
個人的な意見になりますが、全体的にもうちょっと難易度を下げても良い気がしました。北米では難易度が高めの設定が好まれるので日本では少し難易度を押さえられると言うケースがよくあります。ヨッシーは小さな子供や女の子にも人気があるのでそういった層の人がクリア出来るような難易度調整を日本での発売までの間に可能なら再度見直してもらいたいのが正直な感想です。
