『マリオvsドンキーコング2：March of the Minis』では、プレイヤーはマリオではなく、ミニマリオたちをタッチペンで操作して、ゴールへと導いていきます。タッチして動かしたいほうにスライドすれば歩き出し、もう一回タッチすればとまります。上にスライドすればジャンプします。ブロックを起動させて、穴をふさいだり上に上る足場を作ったりなど、これまで通りにパズル要素は健在のようです。タッチパネル以外で用いるのは、画面のスクロール（おそらく十字キー）だけのようです。画面写真を見る限り、左右上下に矢印のアイコンがあるので、それを用いればタッチペンでもスクロールできるのではないでしょうかね。
また、『マリオvsドンキーコング2：March of the Minis』は、コースエディターが付属しており、プレーヤーが新しいコースを自作することができます。それをワイヤレス通信を使って配布するだけでなく、なんと、Wi-Fiコネクションを通じて配信することも可能なようです。コースにはランキングシステムもあり、よいコースを作れば、それに応じたボーナスを手に入れることができるようです。
